La superficie considerada como "Región Lacandona" comprende 957 240 hectáreas, que representa casi el 13 % del territorio estatal. Esta región, ubicada en la porción noreste del estado de Chiapas limita al sur y al este con Guatemala, al oeste con el valle del río Jataté y al norte con el paralelo 17.
La selva posee condiciones climáticas húmedas, cálidas y semicálidas, predominando el clima cálido húmedo con una temperatura media anual superior a los 22 °C, con baja oscilación térmica anual. Las lluvias alcanzan valores anuales superiores a los 1,500 mm y llegan hasta los 3,000 mm en la zona norte. En los lugares de mayor altitud, se localiza el tipo climático semicálido, el más fresco de los cálidos, con una temperatura media anual inferior a los 22 °C, sin descender de los 18 °C, con este tipo climático se encuentra asociado el bosque de pino-encino.
La estación lluviosa bien definida, se presenta en verano y se extiende hasta parte del otoño. Existe también un porcentaje menor de lluvias invernales provocadas por masas de aire frío, provenientes del norte. De mayor importancia son las tormentas tropicales que se presentan en los meses de mayo a noviembre originadas en la zona del Caribe Occidental.

La cubierta vegetal en la Selva Lacandona es altamente diversa a nivel de especies, comunidades y ecosistemas. En especial la Comunidad Lacandona muestra una de las extensiones más grandes en el país de selvas altas perennifolias, uno de los ecosistemas más complejos y diversos que se conocen, pero a la vez, uno de los más vulnerables y frágiles frente a la manipulación humana.
Por otro lado, este importante macizo selvático ofrece otros importantes "servicios ambientales" como la regulación hidrológica a nivel regional, el control de la erosión y el mantenimiento de la humedad de los suelos; algunos estudios recientes indican que esta cubierta vegetal es responsable en parte del ciclo de lluvias que precipita sobre la depresión central del estado. Una cuenca cerrada cuya única apertura por donde penetran las nubes que producen las lluvias, pasa sobre la Selva Lacandona. En la depresión central se ubica el sistema del Alto Grijalva, que genera más del 30% de la energía eléctrica del país.
La fauna silvestre muestra también una alta diversidad. En la Selva Lacandona se encuentran muchas especies endémicas a las selvas húmedas mesoamericanas y varias especies animales amenazadas o en peligro de extinción como el jaguar (Panthera onca), el águila arpía (Harpia harpyja) y la guacamaya roja (Ara macao) y otros animales además de una infinidad de especies de anfibios.
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